豆腐・納豆においては、既存の団体がコスト指標作成団体になるのではなく、全国納豆協同組合連合会（納豆連）、全国豆腐連合会（全豆連）、日本豆腐協会（日豆協）の３者により新規団体を組成し、この団体の中で、本事業と同様に、生産から消費の各段階の関係者が参画する全体会議と分科会を組み合わせた体制とすることについて、関係者で確認がなされました。

団体規約の作成等の必要な準備が整い次第、農林水産省へコスト指標作成団体としての認定申請を行います。認定が取れ次第、必要なデータの整理やコスト指標作成団体内の関係者での協議を行い、価格交渉に使うタイミング等も踏まえながら、コスト指標の作成・公表を行います。